教學卓越辦公室為本校輔助各單位，以推動高教深耕在教與學的精神與教學卓越之任務型組織，於94年成立，綜理業務之分工與協調、經費配置與管控，以及協調跨單位計畫之申請與執行。並於104年8月增設「教學卓越辦公室」主任，負責計畫統整、協調及執行進度追蹤管考。現教學卓越辦公室組織架構為主任一人及職員三人，分別綜理與執行以下業務：

1. 教務處之「中程校務發展計畫」、「私校獎補助計畫」、「校務評鑑」。
2. 「高教深耕計畫」A面項，內容包含：計畫研訂、申請、經費執行、成果提報、成果訪視及分享擴散等。
3. 教務研究與分析專案小組運作。
4. 教務處內行政稽核管考。